项目简介
 longrna-seq是一种全面检测细胞和组织长片段rna（>200nt） 的转录组测序方法,包括线性的mrna和lncrna分子，以及环状rna，可准确高效揭示转录组的表达全貌，是非编码rna的重要研究技术。
关于长链非编码rna(long non-coding rna，lncrna):
 lncrna是一类长度大于200nt，无典型开放阅读框(orf)的rna，其数量远高于编码蛋白质的mrna。它们的基因背景很丰富，可以是由启动子、增强子起始的序列，基因内含子，rna的反义链，亦或是基因之间的序列等。研究发现lncrna可在表观遗传学水平(包括dna 甲基化、组蛋白修饰、染色质重构)、转录及转录后水平调节基因的表达，从而参与各种基本生命活动和疾病的发生发展过程。
关于环状rna（circular rna，circrna）：
 环状rna是一类特殊的rna分子，是rna领域最新的研究热点。
与传统的线性rna（linear rna，含5’和3’末端）不同，circrna分子呈封闭环状结构，不受rna外切酶影响，表达更稳定，不易降解。在功能上，近年的研究表明，circrna分子富含microrna（mirna）结合位点，在细胞中起到mirna海绵（ mirna sponge）的作用，进而解除mirna对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平；这一作用机制被称为竞争性内源rna（cerna）机制。通过与疾病关联的mirna相互作用， circrna在疾病中发挥着重要的调控作用。而最新的研究发现，还存在大量的环形rna可作为信使rna来编码蛋白，这些环形信使rna通过一种常见的rna甲基化修饰m6a，来驱动非帽依赖性的翻译机制来合成蛋白质。
 正常情况下，真核细胞中蛋白质合成的主要方式是通过5’端帽依赖性翻译，但在应激环境下或一些癌症中，5’端帽依赖性翻译会被抑制而非帽依赖性翻译将会取代。因为环状rna没有5’端帽结构，所以所有的环状rna翻译都是通过非5’端帽依赖性翻译进行的。因而环状rna可能通过产生刺激诱导蛋白在细胞应激反应中发挥重要作用。根据类似推理，环状rna编码的蛋白可能在癌症等重大疾病发展过程中发挥重要作用。
实验流程
样本要求
1. 组织：>1mg；（仅限人源）
2. 细胞培养：1*10的6次方个；（仅限人源）
3. 血液样品：≥2ml。（仅限人源）
4.  rna样品（仅限人源）:
浓度≥ 200ng/μl，总量≥4μg；
od260/280介于1.8~2.2之间，od260/230≥2.0，rin≥6.5，28s:18s≥1.0，确保rna无降解；
建库方式
去rrna 链特异性建库方式
测序参数
测序平台：hiseq x10/4000
测序模式：pe150测序模式
测序数据：>10g clean data
生物信息基础分析
1. 数据质控
2. 基因比对与统计
3. mrna差异表达分析
4. lncrna差异表达分析
5. 环状rna预测分析
6. 环状rna注释
7. 环状rna差异表达分析
8. 差异基因go分析
9. 差异基因kegg分析
10. 生物学重复样品间相关性分析
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